Впервые кефир был получен горцами народов карачаев и балкаров благодаря попаданию в молоко кефирного грибка в горной местности вблизи Эльбруса. Кефирные грибки настолько ценились местными народами, что их использовали в качестве валюты при обмене на другие товары, давали в приданное девушкам на свадьбу.
Распространение напитка по всему миру началось с 1867 г. Его свободно продавали, но секрет приготовления держали в строжайшей тайне. Массовое изготовление и продажа кефира в СССР началось из-за невероятного случая с молодой девушкой. Ирина Сахарова после окончания школы молочного дела в 1906 г. была специально направлена в Карачай, чтобы получить рецепт приготовления кефира у местного населения. Уже на месте девушка понравилась одному из горцев, и он по традиции гор ее украл. Девушка не растерялась и подала на него в суд, а в качестве компенсации за моральный ущерб попросила раскрыть ей секрет кефира. Суд иск и требования удовлетворил, и Ирина вернулась домой, можно сказать с победой.
С 1913 г. напиток начали массово изготавливать в Москве, и оттуда он распространился по всему советскому союзу.